此役中条时秀讨取两千三百余首级，而自损不过六百余人，造成巨大差别的根本原因是松永军权限溃败逃窜中，被中条时秀沿途追杀讨取近一千六百余首级，真正死在僵持战中的只有那六百多人，松永军阵亡在此战中的阵斩只有七百余首级，余下皆是追杀溃军的收获。
松永久秀的一万军势被彻底打残，只剩下四千遭逢惨败的溃军不足以担当一阵大将，只能合并到三好义贤的军势之中，让三好义贤所部重新凑成两万军势，六角义贤见势不妙立刻将伏见山的五千军势调过来也凑成一万五千军势继续与三好义贤僵持。
直到八月末的最后一天，命令内藤宗胜所部八千六百余众从船冈山出发作为上洛的“先阵”，另一边则命令三好义贤两万军势对六角义贤发动进攻，内藤宗胜的八千虎贲在右京飞鸟井与中条时秀所率领的幕府守军及本部残军万余众遭遇，一场恶战不可避免的爆发。
中条时秀的军略与内藤宗胜相差不大论武勇更是技高一筹，但是他配下的军势个个疲惫不堪，幕府守军又皆是不堪大用之辈，一色直高所在的右翼军势被内藤宗胜重点照顾损失惨重，若非同门师兄师冈一羽的协助下稳住局势，中条时秀恐怕就要再吃一场败。
即使如此双方在右京激战三日打的难分难解，打的整个右京一片狼藉战火熊熊燃烧毁掉无数重建的庭院，右京之内的数十所佛寺被大火付之一炬，居住在右京的公卿与僧侣们紧急逃往比叡山避难，就连天皇也忧心忡忡的祈祷天下静谧。
在京都以南的鸟羽口同样爆发一场合战，失去大河内国纲支援的六角义贤无法抵挡三好义贤与松永久秀的联手夹攻，在鸟羽口被杀的一场大败当阵战死三千余众，家中多名谱代家臣殁于阵中，六角义贤被迫带着残军退回大营里死守不出。
肆虐多日的右京大火在一场豪雨下被浇灭，同样被浇灭的还有继续战斗的意志，大战两个月难分难解早已让双方的武士对功业的渴望变的麻木，重复一天又一天的进攻同伴的剧烈伤亡，活着的武士看不到任何希望。
中条时秀所部只剩下五千余残军败退到二条御所坚守不出，而幕府的三千五百守军更是一阵被讨死千余人，早早的退出飞鸟井合战的序列逃回去舔伤口，相比之下内藤宗胜的日子也很不好过，八千六百军势只剩下不到六千人退回船冈山城，主要是被中条时秀率领的两千五百经历越中战争的精锐突破三阵一天就讨取近千颗首级给伤到。
双方的手牌被打的不剩多少，中条时秀所部及幕府军一共七千五百余众死守二条御所，六角义贤所部一万两千人在鸟羽口大营里被堵住，三好义贤一万八千军势在战场上取得的绝对优势压制的他毫无办法，以六角义贤的军略水准被战斗到这一刻基本已到山穷水尽的地步。
中条时秀与六角义贤拼的那么狠，其实还是担心三好长庆趁机渡河改变战局的走向，本着拼掉一成是一成争取震慑住三好家渡河的企图，但无奈的发现双方大将的指挥水准相差仿佛，兵员素质装备差距不大，唯一的差别就是兵力差距实在太大。
兵力相差一倍多不说，还有两万军势就坐镇在河对岸虎视眈眈，逼迫的中条时秀与六角义贤心态越发急躁，急于尽快击退三好军的入侵进攻却忽视己方绝对的劣势，京都除去二条御所算的上一座像样的居城，京都七口与船冈山城、小泉城都不能作为依仗，而且最重要的一点，身为进攻一方的三好军可以后退躲避，但防守一方的吉良军、六角军却无路可退。
他们一退就必须抛弃二条御所，可是强情公方足利义辉已经早早的在石清水八幡宫发下重誓，绝对不会重复他父祖的悲剧，绝不允许任何权势武家把征夷大将军赶出京都，他绝对不会离开二条御所一步，哪怕身死也要与京都共存亡。
三好长庆冷冷的注视着京都的战况，直到恶战两个月的京都进入残局阶段，他才决心渡过桂川突袭京都做最后一击，于是动用淡路水军数百艘战船封锁淀川，阻止任何从宇治川初入的船舶尤其禁止吉良水军，已经可用作军事用途的任何船只出现，这次安宅冬康学的很聪明，喝令淡路水军坚决不能追击吉良水军，哪怕遭到偷袭也不能追击以防诱敌深入再中招。
淡路水军的乌龟战术就认准淀川干流封锁让吉良水军毫无办法，他们的船只数量和质量完全不能和称霸濑户内海的淡路水军相提并论，除去偷袭骚扰之外还真没有办法经过淀川的交汇口前往桂川阻挡三好长庆。
三好长庆站在桂川北岸眺望着远处飘荡着淡淡血腥气的京都，身后是两万虎狼之师士气高昂的登陆，桂川上来往窜梭的船只全部飘荡着三階菱五釘抜的旗帜，三好长庆壮志酬筹地说道：“再也没有人能阻挡我上洛了！”
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